Les constructeurs de cathédrales ont une place prépondérante au Moyen Age. Les Loges, réunions professionnelles d'ouvriers, se réunissaient au pied de l'édifice en construction, église ou château. Elles formaient des sortes de réfectoires à l'usage des tailleurs de pierre. La première connue est nôtée dans un manuscrit de 1370. Ces loges révéraient saint Jean l'Evangéliste, saint Jean-Baptiste et les Quatre Saints martyrs couronnés, c'est-à-dire les quatre maçons martyrisés sous Dioclétien.

Elles avaient, en tout cas, deux grades avec des signes et mots qui permettaient aux membres de se faire reconnaître, au cours de leurs voyages, pour obtenir un emploi ou un viatique. Plusieurs documents nous transmettent des passages de rituels ou de serments dont le plus ancien date de 1375. Le statut de Ratisbonne, établi en 1459, divise les ouvriers en manœuvres et en tailleurs de pierres.

Héritière de ces guildes opératives du Moyen-Age, la Franc-Maçonnerie spéculative a pour origine la création de la première Grande Loge, appelée de « Londres et de Westminster », qui fut fondée le 24 juin 1717 par la réunion à la taverne de l’Oie et le Gril de quatre loges dont les noms reprennent celui des tavernes où elles se réunissaient :
« L’oie et le grill », « A la Couronne », « Au pommier », « Au gobelet et aux raisins ».

Ces quatre loges acceptèrent de se mettre sous l’autorité de cette nouvelle institution, ainsi créée. Son apparition dans l’Angleterre du début du 18ème siècle s’explique par l’avancée de ce pays, soulignée tout au long de ce siècle par les philosophes français et notamment Voltaire, dans sa marche vers la monarchie parlementaire et l’état de droit. Cette avancée s’est concrétisée via une société de pensée, initiatique et ésotérique, porteuse d’une spiritualité dégagée des dogmes. Depuis, dans sa visée universaliste et cosmopolite, cette société s’est répandue à peu près sur toute la surface de la terre ; c’est la franc-maçonnerie.

Les loges opératives ont certainement été en relation avec les Templiers, grands constructeurs de commanderies et de châteaux. Elles les ont accompagnés dans les croisades pour construire des kraks et ont été, de ce fait, mises en contact avec des traditions antiques ou orientales. Mais nous n'avons aucune preuve certaine d'une filiation directe entre la Franc-Maçonnerie et l'Ordre du Temple, comme plusieurs auteurs l'ont affirmé.

Porteuse de mythes fondateurs, usant du langage symbolique, travaillant dans le cadre de rites, la Franc-Maçonnerie est à la fois une et multiple. Une, car quelle que soit sa diversité, elle associe l’allégorie des bâtisseurs de cathédrales et l’idéal de la chevalerie comme représentation de la construction de l’individu et vise à établir entre les hommes une fraternité universelle ; multiple aussi par la diversité de ses rites qui font, tous, plus ou moins appelle à la symbolique chrétienne, en même temps qu’à tous les courants de la pensée occidentale, du néo-platonisme à l’hermétisme en passant par la kabbale.

Dès 1723, la nouvelle organisation publiera ses Constitutions et règlements dont la rédaction a été confiée au Pasteur, d’origine écossaise, James Anderson. Les Constitutions d’Anderson reprennent en partie les Anciens Devoirs mais elles apportent aussi des innovations capitales comme d’assurer aux Francs-Maçons la liberté de conscience.

Tout au long du XVIIIe siècle, les loges vont se multiplier en Angleterre puis dans une large mesure la franc-maçonnerie se répandit en une vingtaine d'années dans toute l'Europe. Des loges furent notamment fondées en Russie (1717), en Belgique (1721), en Irelande (1725), en Espagne (1728), en Italie (1733), en Allemagne (1736), en Ecosse (1736), en France (1738).

Des confréries de maçons opératifs ont existé à Genève, en particulier lors de la construction de la cathédrale.

Spon, dans son Histoire de Genève (1680) écrit qu'il existait dans cette ville, en 1213, "une confrairie de Saint-Pierre qui avait soin de l'ouvrage, soit pour l'édifice soit pour l'ornement". Il y avait une autre "confrairie pour la réparation des ponts".

On trouve également une mention de loges au XVIe et au XVIIe siècle, lorsque le Conseil interdit les cérémonies de passage de grade.